De locomotieven van reeks 28 werden vanaf 9 september 2009 ook ingezet in de Beneluxtrein (Amsterdam - Brussel v.v.). Tot 13 december 2009 samen met locs van de reeks 11.8 en NS Hispeedlocs serie 186 (die laatste waren technisch gelijk aan reeks 28). 

Vanaf de dienstregeling 2010 (die op 13 december 2009 inging), hadden de NMBS-Traxx'en het alleenrecht. Op 8 december 2012 reden de laatste reizigerstreinen Amsterdam - Brussel met locomotieven van Reeks 28 - daarna zou het verkeer afgewikkeld worden via het hsl-traject. Echter, door het falen van de V250-stellen in januari 2013 kwam er een beperkte Beneluxdienst (eindpunt Den Haag HS in plaats van Amsterdam) op gang ingaande 18 februari 2013 - met twee ritten per dag met het oude materieel. Dit werd later dat jaar opgeschaald naar meer ritten per dag. Met ingang van de dienstregeling 2015 is het eindpunt aan Nederlandse zijde weer Amsterdam Centraal, in plaats van Den Haag HS.

• Locomotieven 2801 - 2803 waren in eerste instantie bedoeld voor reizigerstreinen tussen Antwerpen Centraal en Noorderkempen - om die reden waren ze ook voorzien van een configuratie die een maximumsnelheid van 160 kilometer toeliet; maar door ETCS-problemen konden de locs niet worden ingezet op deze verbinding. Het oorspronkelijke onderscheid tussen de nummers 2801 t/m 2803 en de overige locs bleef duidelijk aan de plaatsing van het nummer aan de voorzijde: rechts bij de eerste drie locomotieven; in het midden bij de andere.

• De NMBS huurde ook vijf Traxx-locomotieven voor verkeer naar Frankrijk: reeks 29. In december 2012 werden de locomotieven 2901 - 2905 teruggeleverd aan Alpha Trains. Sinds 8 april 2013 zijn ze weer terug in dienst genomen.

• Heel af en toe werd er wel eens een HSA-Traxx-locomotief ingezet na 13 december 2009. Locomotief 186 111 was de vaste reserve te Amsterdam voor inzet naar Brussel. NS-locomotief 186 236 is ook enige tijd als reserve-locomotief beschikbaar geweest. NS-loc 186 142 werd in december 2014 ingezet in de Beneluxdienst.

Vanaf 9 april 2018 wordt het treinverkeer Brussel - Amsterdam v.v afgewikkeld via Breda (hsl) i.p.v. via Roosendaal. Er werd gereden met rijtuigstammen die aan beide zijde een Traxx-locomotief hebben. Dat kon in alle combinaties: louter NS-locomotieven, louter NMBS-locomotieven of van beide maatschappijen een locomotief. 

• Op 9 december 2012 - een dag na afloop van de Beneluxdienst - gingen twee locomotieftreinen van 4 locomotieven terug van Amsterdam naar België; een trein bestond uit de 2811, 2839, 2835 en 2836.

• In maart 2013 zouden de eerste locomotieven ingeleverd worden bij eigenaar Alpha Trains: 2801 - 2803. Dit is uitgesteld voor de 2802 en 2803 vanwege de inzet op de verbinding Den Haag - Brussel. Locomotief 2801 werd op 1 april 2013 teruggeleverd aan Alpha Trains en later door Railtraxx in gebruik genomen.

• Voor de nieuwe Beneluxdienst (Den Haag HS - Brussel Zuid v.v.) waren in 2013 in eerste instantie de 2802, 2803, 2835, 2836, 2838, 2839 en 2840 beschikbaar. Ook de 2806, 2809, 2812, 2815, 2821, 2832 en 2833 zijn ingezet in deze dienst.

• In 2014 is sprake van een revisie van Reeks 28, om locomotieven hiervoor vrij te maken zette de NMBS in de goederendienst tijdelijk weer Reeks 21 in.

• Op 2 september 2014 reed de eerste Beneluxtesttrein met een ICR-stuurstandrijtuig dat moet gaan samenwerken met een Traxx-locomotief van de Watergraafsmeer in Amsterdam naar Brussel Zuid. (Het stuurstandrijtuig had nog geen stuurtafel die kon samenwerken met een Traxx-locomotief; die zou nog ontwikkeld worden. Tot die tijd reed het stuurstandrijtuig mee als "gewoon" rijtuig). Trekkracht was locomotief 2842; naast het stuurstandrijtuig reden vijf-geel-blauwe ICR-rijtuigen mee, waarvan het casco gereviseerd was. In 2015 zag de NS af van de aanpassing van het stuurstandrijtuig én ging men over op dubbeltractie: een locomotief voor en een achter.

• Vanaf de start van de dienstregeling 2015 (ingang: 14 december 2014) werden de eerste rijtuigstammen met de opgeknapte ICRm-rijtuigen ingezet - afgewisseld met de 'oude stammen'.

• In december 2014 huurde NMBS loc 186 240 en gaf die nummer 2844. De locomotief werd ingezet in de Beneluxdienst.

• In januari 2015 heeft een team van negen machinisten uit Monceau, het initiatief genomen om het energieverbruik van 'hun' Reeks 28 locomotieven (TRAXX MS) te verminderen. Uiteindelijk is het team erin geslaagd om het energieverbruik van de locomotieven te verminderen met 20% na twee maanden. Het proefproject "E-drivers in 2015" werd gehouden op de route Gomezée "The Petons" (BE) - Aachen West (DE). Door verbetering van de aandrijving werd zelfs een reductie van 30% gerealiseerd. NMBS - B-Logistics heeft besloten het project te ondersteunen. Twee locomotieven (2841 en 2843) kregen speciale stickers met de volgende tekst: "e-drivers B-logistics - Monceau. 30% less energy!".

• De NMBS huurde vanaf 1 maart 2015 locomotief 186 183 van Railpool voor het testen van software op het HSL-traject tussen Antwerpen en de Nederlandse grens. De locomotief kreeg nummer 2861. Enige tijd later werd deze ook ingezet in het reizigersvervoer Amsterdam - Brussel v.v. In mei verscheen ook locomotief 2862 (186 181) in dienst bij de NMBS. Deze locomotief van Railpool was eerder actief voor o.a. SBB Cargo. Op 24 mei 2015 reed de locomotief een trein tussen Antwerpen en Hengelo voor automatiseringsbedrijf Odin.

• In juni 2015 werd bekend dat de NMBS in totaal 20 Traxx-locomotieven bij Railpool wil gaan huren, die bezitten over ETCS, voor inzet in de dienst Brussel - Amsterdam v.v. Deze worden genummerd 2861 - 2880. De locomotieven 2844 en 2802 en 2803 zullen dan worden teruggeleverd aan de verhuurders. De andere locomotieven van Reeks 28 gaan terug naar inzet in de goederendienst. Later bleek dat de huur van extra locomotieven en de teruggave niet doorging.

• Locomotief 186 424 die eigendom is van leasemaatschappij Railpool - die daarvoor werd ingezet in de goederendienst van Rurtalbahn - verving eind oktober 2015 locomotief 2862 in de Beneluxdienst omdat die locomotief veel mankementen kende. De locomotief kreeg later in 2015 nummer 2863.

• Op 18 december 2015 reed de eerste Austria Express onder verantwoordelijkheid van Railpromo. Vertrek uit Brussel en via Antwerpen, Roosendaal, Rotterdam, Utrecht, 's-Hertogenbosch en Venlo naar Duitsland. Op 20 maart 2016 reed de laatste trein van het seizoen 2015-2016. Naast Belgische rijtuigen type I6 en een bar-discorijtuig waren ook de locomotieven 2804, 2807, 2822, 2825 en 2829 beschikbaar voor inzet.

• Vanaf 4 november 2017 reden de Beneluxstammen met een locomotief voor en achter, vooruitlopend op inzet via de route via Breda over de HSL, zodat kopmaken gemakkelijk wordt. In eerste instantie zijn de locomotieven 2802 - 2813 voor de Beneluxdienst voorzien, samen met de NS-locomotieven 186 001 - 012. De andere NMBS-Traxx-locomotieven gingen over naar Lineas. Deze private spoorwegmaatschappij heette eerder NMBS Logistics (2011 - 2015) en B Logistics (2015 - 2017). Lineas liet de nummers die verwezen naar de Reeks 28 geleidelijk verwijderen. Ook de maatschappij-aanduiding veranderde van B in ATLU.

• Locomotieven 2834 (186 226) en 2835 (186 227) reden tot april 2018 voor Lineas en daarvoor voor de NMBS. Lineas beëindigde de lease, waarna deze locomotieven door de NS werden geleaset. Ze worden ingezet voor de binnenlandse Intercity Direct.  

Ook de locomotieven 186 212 (2820) en 186 214 (2822) vonden de weg naar de NS.

• Vanaf 2018 worden de Traxx-locomotieven van NMBS en NS door elkaar ingezet bij de Beneluxstammen. Dat wil zeggen dat er ook stammen rijden met een NS-locomotief aan een zijde en een NMBS-locomotief aan de andere zijde.

• Op 30 juni 2019 komen de locomotieven 186 208, 186 217 en 186 219 aan in de Watergraafsmeer. Ze stonden opgeslagen in Krefeld. NS gaat deze inzetten in de Intercity Direct dienst. Locomotief 186 208 is in inzet sinds 24 september 2019, getooid met NS-logo's. 

• De locomotieven 186 219, 186 221 en 186 222 werden vanaf  januari 2020 ingezet door NS. De locomotieven zijn getooid met NS-logo's.

• Locomotief 2843 keert op 23 maart 2022 terug in de Beneluxdienst.

• In 2022 kregen de locomotieven die door de NMBS / SNCB worden ingezet het B-loge aan de zijkant. Ook kregen locomotieven een naam, vermeld in een geel vlak op de neus.